Se estableció la creación de la antigua Universidad por el Duque Francisco de Borja.
Situada extramuros al norte de la ciudad, junto a la Puerta de Valencia, donde se encontraba una pequeña iglesia dedicada a San Sebastián. Se estableció la creación de la antigua Universidad por el Duque Francisco de Borja, obteniendo la fundación del colegio por la bula de 3 de diciembre de 1544. Este, pidió licencia para dar el Colegio a la recién creada Compañía de Jesús, el papa Paul III la concedió el 20 de abril de 1548, pasando a manos de los mismos el 10 de mayo del mismo año.
En la primera etapa de construcción del Colegio se realizaron las celdas, las diversas estancias, el refectorio, la enfermería, las oficinas y parte de las aulas. Faltaba para realizar la academia, más aulas que debían construirse junto a la iglesia. En 1549 pasó a ser Universidad por bula papal del 4 de noviembre, confirmada por el Emperador Carlos V. La iglesia de San Sebastián fue en derribada en 1605 para construir una de mayores dimensiones.
La nueva iglesia es de una sola nave con crucero, que destaca en planta, capillas laterales y cúpula en el crucero en las pechinas se representan los cuatro escudos de la Casa Ducal. Entre los años 1883 y 1884 se realizaron reformas en la iglesia dotándola de una capilla de la Comunión en el testero de la sacristía, situando la entrada por la puerta de la cabecera de la iglesia que con anterioridad daba al huerto.
En 1767 se decretó la expulsión de los jesuitas, abandonada se utilizó como casa de misericordia. Se realizaron dos nuevas fachadas, la de la plaza del Colegio, y la otra en la Alameda del Prado, según consta en la inscripción del claustro. La fachada que recae a la plaza está repleta de balcones, mientras que la otra se ordena mediante pequeñas ventanas cuadrangulares. No se llegó a utilizar como Casa de Misericordia, únicamente se habilitaron 50 habitaciones para familias pobres. Por Real orden del 28 de diciembre de 1806 se establecieron los Escolapios, manteniéndose hasta la actualidad.
Uso actúal: Religioso, colegio, sede de la UNED, Sala de exposiciones.